施工过程中，水、电、蒸汽、压缩空气的供应必须完全可靠。食物通过的系统必须保证无菌，进入包装容器时食物经过的空间环境必须保证无菌。
另外，无菌包装一般使用大型设备，特别是食品灭菌器和无菌包装机，设备投资大，费用高。运营及管理卫生要求严格，难度高，一旦污染，就会成批报废，造成浪费，损害的全性质强，不适合生产少量多种产品，造成浪费，损失大，一般只用于食品。
无菌包装机从灭菌到无菌灌装，到包装密封的全过程，都要防止外部微生物入侵，食品流动的各个连接部位都要有可靠的密封，防止食品被系统外部微生物污染。无菌包装过程中要注意微生物的二次污染。灭菌食品和包装容器直接接触空气的时间应降至最低。包装前先对包装机器和操作环境进行无菌处理。
包装机使用热碱水洗、稀盐酸中和、热水精炼、高温蒸汽消毒。工作环境可以用化学和物理两种方法进行无菌处理，一般无菌室配有空气过滤装置和紫外线杀菌装置，无菌室经常保持无菌状态。可以定期利用紫外线杀死在空气中游动的微生物。确保无菌室的清洁度、温度、湿度符合规定标准(一般在18左右，湿度一般为55)。
工作环境除菌是为了防止细菌及其他污物进入工作环境。细菌清除方式主要采用过滤除尘方式，一般无菌工作空间的空气通过消毒、二次过滤、加热消毒生产无菌超压空气，超压状态应防止环境流菌空气渗透到无菌工作空间。常用的环氧乙烷灭菌包装机械需要环氧乙烷气体对塑料提高温度和减压的方法加快挥发。
运输过程中要保持接头、阀门、换热器、均匀器、泵等的密封，使系统内部保持正压力，防止外部空气进入。同时，传送带要求尽可能简单，容易清洁。无菌包设备的消毒处理通常使用CIP现场清洁系统进行，根据产品种类，可以根据灭菌要求设置清洁程序。是关于环境的。
确保包装的密封无菌：包装封口是无菌包装的最后一道工序，直接影响产品的包装质量和储存时间。这一要求可以防止微生物、气体和蒸汽的入侵，而不允许产品本身的气味和液体泄漏。大部分无菌包装的密封。
密封时要注意密封面的压力均匀分布。密封过程的条件(如密封温度、时间、压力)必须有安全边界，并且可以控制。封面要避免产品或其他污物
